Sejarah pusat ini bermula apabila Fakulti Perubatan, Universiti Kebangsaan Malaysia telah ditubuhkan pada 30hb Mei 1972 dengan pelantikan Dekan pertama iaitu Dr. Amir Abbas.

Penubuhannya adalah berdasarkan aspirasi rakyat untuk mewujudkan institusi perubatan kebangsaan menggunakan Bahasa Malaysia sebagai bahasa perantaraan. Aspirasi pada masa itu adalah untuk mengeluarkan doktor-doktor tempatan, yang dilatih dan berkaliber, untuk mengatasi masalah kekurangan doktor di Malaysia, terutamanya untuk berkhidmat di kawasan-kawasan luar Bandar.

Penubuhan Fakulti Perubatan tiga tahun selepas penubuhan UKM bertujuan untuk melatih dan melahirkan doktor perubatan berkualiti yang boleh berkhidmat di mana sahaja terutama di kawasan luar bandar. Tenaga pengajar ketika itu kebanyakannya terdiri dari tenaga pengajar dari Indonesia yang mengajar di bidang praklinikal iaitu Anatomi, Biokimia dan Fisiologi. Terdapat juga beberapa orang pensyarah dari Myanmar, Bangladesh, Rhodesia dan Sweden. Di bidang klinikal, beberapa pakar klinikal telah dilantik melalui bantuan CFTC, United Kingdom. Pada tahun 1975 dan seterusnya ramai bakal tenaga pengajar yang dihantar mengikuti latihan di luar Negara telah berjaya dan berkhidmat di Fakulti Perubatan. Kini ramai bekas graduan Fakulti Perubatan UKM telah kembali mencurah bakti sebagai tenaga pengajarnya. Apabila Fakulti Perubatan ditubuhkan tiada bangunan tetap disediakan untuk kerja-kerja pentadbiran. Keadaan yang mendesak menyebabkan Dr. Amir Abbas menggunakan ruang di rumah kerajaan kediamannya iaitu di Jalan Istana sebagai pejabat.

Setelah beberapa bulan, pejabat tersebut berpindah di Jalan Travers, Brickfields dan kemudiannya di Jalan Masjid, Petaling Jaya. Dari tahun 1973-1976 Fakulti telah menyewa keseluruhan Paras 1, bangunan Persatuan Perubatan Malaysia (MMA), di Jalan Pahang, Kuala Lumpur sementara menunggu bangunan di Jalan Raja Muda Abdul Aziz siap. Bangunan ini digunakan oleh Fakulti Perubatan sehingga tahun 1997 apabila hospital HUKM di Cheras siap dan bahagian klinikal dan pejabat pentadbiran pindah ke sana.

Walaubagaimanapun masih ada beberapa lagi jabatan praklinikal Fakulti Perubatan yang masih berada di Kampus Kuala Lumpur. Kumpulan perintis yang terdiri daripada Dr. Abd. Hamid bin Abd. Rahman, Dr. Abdul Rahman Omar, Dr. Ismail Saad, Dr. Kader Sultan dan Dr. Eng Jom dan diketuai oleh Dr. Amir Abbas walaupun tiada berpengalaman akademik untuk pembinaan sebuah Fakulti Perubatan, telah bertugas merancang aktiviti mereka dengan melakukan kerja-kerja yang terpaksa dijalankan serentak. Jawatankuasa Penaja dengan restu PerdanaMenteri Malaysia Kedua, YAB Tun Abdul Razak, telah memilih Hospital Besar Kuala Lumpur sebagai hospital pengajar untuk latihan klinikal dari tahun 4 hingga tahun 6.

Pada 27 Februari 1975 HBKL telah diisytiharkan sebagai hospital pengajar Fakulti Perubatan UKM oleh Menteri Kesihatan ketiga iaitu YB Tan Sri Lee Siok Yew. Kini Hospital Universiti Kebangsaan Malaysia bersedia sebagai hospital pengajar.