Sejarah penubuhan JKNKEL berkait rapat dengan penubuhan Rumah Sakit Umum Kota Bharu pada tahun 1930. Pada masa itu terdapat 2 buah hospital di Negeri Kelantan, iaitu Rumah Sakit Umum Kota Bharu dan Rumah Sakit Daerah Kuala Krai (1917).

Berikutan dengan perkembangan dalam urusan berkaitan penjagaan kesihatan di Negeri Kelantan maka timbullah keperluan untuk mewujudkan satu sistem pengurusan yang lebih bersepadu bagi mengawalselia pengurusan kedua-dua buah hospital tersebut. Dengan itu, maka tertubuhlah Pejabat Pengarah Perkhidmatan Perubatan dan Kesihatan Negeri Kelantan yang diketuai oleh "Chief Medical and Health Officer" yang mana pejabatnya terletak di dalam kawasan Rumah Sakit Umum Kota Bharu.

Pada tahun 1980, Pejabat Pengarah Perkhidmatan Perubatan dan Kesihatan Negeri Kelantan telah berpindah ke Wisma Persekutuan Negeri Kelantan dan namanya telah ditukar kepada Jabatan Kesihatan Negeri Kelantan pada tahun 1993.