Perkhidmatan Perubatan moden telah bermula di daerah Kota Belud pada sekitar tahun 1946.

Hospital pertama pula dibina pada tahun 1950 di atas bukit, berdekatan dengan bangunan pejabat daerah yang ada pada masa kini. Hospital baru (yang ada sekarang) telah siap dibina dan mula beroperasi sepenuhnya pada tahun 1982. Ianya terletak lebih kurang 1.5 km dari Pekan Kota Belud melalui Jalan Pintas Kota Belud ke Ranau. Bangunan wad Lelaki baru pula telah siap dibina dan mula beroperasi pada tahun 2001. Hospital ini telah melalui banyak penambahbaikan dan menerima pelbagai alat perubatan untuk meningkatkan mutu perkhidmatan kesihatan yang ditawarkan. Pengarah Hospital yang pertama ialah Dr.Anil Kukreja dan sehingga kini sudah seramai 17 orang pengarah yang telah menabur bakti di hospital Kota Belud dan Mantan Pengarah Dr. Alice Chin telah menerajui mulai 31 Oktober 2009 sehingga 30 September 2010 dan kini masih bertugas di Hospital Kota Belud. Pada masa sekarang Hospital Kota Belud diterajui oleh Dr. Eddy Tong Kwan Meng Pegawai Perubatan UD 52 sebagai Pengarah Hospital. Sekarang Hospital Kota Belud mempunyai 172 katil secara rasmi.